东北大学的前身是东北工学院；东南大学前身是南京工学院，两所学校当时都是“八大工学院”成员，区别在于东北工学院属于冶金部，而南京工学院属于教育部。而当时归教育部直接领导的南京工学院、华南工学院、华中工学院、大连工学院隶属于教育部，所以他们又合称为“四大工学院”，至于说“四大工学院”强于其他四所工学院，那就真心是无稽之谈了。如果非要将八大工学院排序的话，头两把交椅一定是国防类的北理和西工大，毕竟他们更有资源，而且最早晋级副部级大学。
东北大学在首次院系调整中是最大受益者，当时接受了清华大学、哈尔滨工业大学、厦门大学、山东大学等高校的相关专业和师生，但是到了第三次院系调整之时，大部分专业和师生也被调出，实力仅限在冶金方面。后来增设了计算机专业，而国内第一台模拟计算机就出自东北大学，一直到现在东北大学在计算机和软件工程方面实力都非常强悍，著名的东软集团就是东北大学培育而成。
东北大学和东南大学不同点在于，东南大学是经过三所学校合并之后才进入985工程大学，而东北大学则是“单枪匹马”通过985大学评选，由此可见，两所学校在进入985工程之前东北大学的实力要优于东南大学一些。但是进入985工程之后，东南大学要优于东北大学，毕竟东南大学先后合并了三所学校，使得自身规模和学科扩展方面有了实质性的提高，相对东北大学“一校一枪”的局面，还是要强不少。
目前来看，东南大学的实力要胜过东北大学，这主要是因为东南大学规模更大，学科涉猎更广，而且东南大学位于江苏省，区域经济和省内财政实力更强，这就使得东南大学更容易获得资金支持和项目扶植，相对东北大学更容易出成果。
