·利用生物碱碱性的差异进行分离
即在不同ph条件下进行分离——ph梯度法，有两种操作：
1. 方法1
总生物碱 / 酸水溶解
│
│用碱调节ph由低到高
│每调一次用氯仿萃取一次
┌────┬───┴───┬─────┐
↓↓↓↓
氯仿液 氯仿液氯仿液氯仿液
ph值： 低 ─────────────────→ 高
得到的生物碱碱度： 弱 ─────────────────→ 强
2. 方法2
总生物碱 / 氯仿溶解
│
│用不同ph缓冲酸溶液依次萃取
┌────┬───┴───┬─────┐
↓↓↓↓
缓冲液缓冲液缓冲液缓冲液
ph值： 高 ─────────────────→ 低
得到的生物碱碱度： 强 ─────────────────→ 弱
得到的缓冲液加碱碱化，用有机溶剂萃取，回收溶剂，即得到不同碱度的生物碱。采用ph梯度法分离前，通常先用多缓冲纸色谱法对总碱中各生物碱的碱度强弱作初步了解，据此调节ph值。
·利用生物碱或生物碱盐溶解度的差异进行分离
生物碱以及生物碱盐在不同溶液的溶解度可能存在明显的差异，可用于分离。
如：氧化苦参碱是苦参碱的氮氧化物，极性稍大，不溶于乙醚。而苦参碱溶于乙醚，于两者的氯仿液中加入乙醚，氧化苦参碱即可析出。
如：麻黄碱草酸盐在水中的溶解度比伪麻黄碱草酸盐的溶解度小，可以自水溶液中先行析出。
· 利用生物碱特殊功能基不同进行分离
┌ 有无酚羟基——利用酚羟基可溶于naoh溶液，用naoh溶液处理与无酚羟基者分离。
│
例如 ┤ 有无内酯或内酰胺结构——利用内酯、内酰胺在苛性碱溶液中加热可开环生成溶于水
│ 的羧酸盐，与无内酯、内酰胺结构的生物碱分离。
│
└ 制备功能基衍生物——利用仲胺可与亚硝酸生成亚硝基衍生物，或与氯乙酰或氯甲酸
乙酯生成相应的酯等，与叔胺分离。
· 利用色谱法进行分离
利用色谱法可以得到生物碱单体纯品。
┌ 吸附色谱法┌ 氧化铝
│ │
多用 ┤ 反相色谱法 吸附剂 ┤ 硅胶
│ │
└ 分配色谱法 └ 纤维素
┌吸附色谱法可用苯、氯仿、乙醚等有机溶剂。
洗脱剂┤
└分配色谱法可用缓冲液饱和的有机液。
