生物碱的分类方法主要有3种，按植物来源、生源途径和基本母核的结构类型分类。
按基本母核类型分类：
一、吡啶类生物碱
（一）简单吡啶类此类生物碱结构简单，很多呈液态。
代表化合物物有：槟榔碱，医，学教育网原创槟榔次碱，烟碱。
（二）双稠哌啶类代表物有：苦参碱
二、莨菪烷类生物碱
此类生物碱由莨菪烷衍生的氨基醇和不同有机酸缩合成酯。代表物有：莨菪碱、医学教、育网原创古柯碱等。
三、异喹啉类生物碱
（一）简单异喹啉类
（二）苄基异喹啉类
1.1-苄基异喹啉类代表物有：罂粟碱、厚朴碱
2.双苄基异喹啉类代表物有：汉防已碱
3.原小檗碱类代表物有：小檗碱、延胡索乙素
4.吗啡烷类代表物有：吗啡、可待因
四、吲哚类生物碱
代表物有：吴茱萸碱、马钱子碱、士的宁、长春碱、长春新碱、利血平。
五、有机胺类生物碱
代表物有：麻黄碱、秋水仙碱、益母草碱
