华南理工大学和上海交通大学两所学校都是世界一流大学建设高校，也是985工程大学，很早两所高校就进入了全国重点大学行列。但是区别也比较明显，上海交通大学属于副部级高校，而华南理工大学则属于正厅级大学。另外上海交通大学目前的影响力和品牌效应上来看，也要强于华南理工大学。
上海交通大学传统优势是船舶与海洋工程，解放前就已经创办了，是国内船舶与海洋工程领域现代教育的策源地之一。1952年的院系调整，上海交通大学并未拆分造船专业，反而得到了加强，获得了原同济大学、武汉交通学院、上海工业专科学校的相关专业的全部资源，使得上交大的造船实力跻身国内顶级高校行列。这之后上交大再接再厉，仅有三年时间，于1955年开始培养研究生，这对当时国内院校来讲，绝对属于领先水平。
1956年交通大学整体迁至西安之后，造船系却留在上海，但是仅凭当时留在上海的造船系还难以支撑一所高校，因此其又联合大连理工大学造船系，组建上海造船学院。可以说上海造船学院是目前上海交通大学的前身。也是因为当时合并两大实力派高校的造船系，才有了今天上海交通大学的王牌专业，船舶。
总体来看，上海交通大学的实力要胜过华南理工大学一些。首先上海交通大学整体规模要大于华南理工大学，学科深度和广度也是华南理工大学难以比拟的。当然也要注意，并不是华南理工大学一无是处，其实他的优势也很明显，比如在轻工和建筑方面，这都要领先上海交通大学，但是整体上确实有所差距。
