华南理工大学在第一次院系调整中是最大的受益者，当时它合并了华中、华南大部分名校的工科专业，俨然成为中南地区最具实力的工科高校，甚至一度可以同清华大学抗衡，这一时期是华南理工大学最引以为傲的时期，学科完整，专业齐全，师资力量极为雄厚。虽然此时中南大学也如日中天，但是同华南理工大学相比，真心不值得一提。
不过，随着朝鲜战争趋稳，而越南战事风起云涌，国际形势巨变的情况下，华南理工大学也进入了“整肃”名单，由此开始多个院系被分出，使得华南理工大学实力大大下降。如水利专业调入武汉水利水电大学；电力相关专业调入华中科技大学；铁道给了目前的中南大学；无机给了华东理工大学；测绘给了武汉大学；电讯给了电子科技大学等等，使得华南理工大学一度只剩下轻工、建筑等专业，变成了单一学科为主的高校了。
华南理工大学和中南大学都是1960年进入全国重点大学行列的高校，此时两所学校实力差距并不大，华南理工大学稍微占有一点优势，毕竟曾经也富过，虽然都被分拆了，但是底子还在，实力依旧很强。不过经过2000年高校合并潮之后，华南理工大学就彻底败下阵来。华南理工大学这一时期根本没合并有实力的高校，而中南大学则合并了三所学校，两所学校的实力由此拉开。
整体来看，中南大学的综合实力高于华南理工大学。这其实很容易分析，中南大学合并了原湘雅医学院，而湘雅医学院的实力一直属于国内上游高校，这就要比华南理工大学强很多，毕竟华南理工大学到现在也没有医学院存在，所以综合实力方面中南大学确实要比华南理工大学更强一些，这一点毋庸置疑！
