新疆大学，位于新疆自治区首府乌鲁木齐市。是新疆自治区属重点大学，是211工程大学、是世界一流大学B类建设高校。学校创建于1924年，时名新疆俄文法政专门学校。1960年定名新疆大学。2000年，新疆大学与新疆工学院合并组建新的新疆大学。
石河子大学，位于新疆石河子市，是新疆建设兵团直属高校，是211工程大学，是世界一流学科建设高校。石河子大学是第一野战军行军中建立的学校。1996年，原石河子医学院、石河子农学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校合并组建石河子大学。
石河子大学和新疆大学，虽然都在新疆自治区办学，但是隶属单位并不相同，石河子大学隶属新疆建设兵团；而新疆大学隶属新疆自治区。虽然两校同时入选“双一流”高校，但新疆大学是世界一流大学建设高校；而石河子大学是世界一流学科建设高校，相差一级。
根据教育部第四轮学科评估结果来看，石河子大学有2个B类学科，9个C类学科；而新疆大学有7个B类学科，9个C类学科。从学科建设的角度来看，无论从数量上，还是从质量上，新疆大学都要比石河子大学强一些。
综合来看，新疆大学的实力要比石河子大学强一些！
