新疆大学是以文理为主建立的高校。建国后才逐步走向综合性高校行列，这也主要是因为新疆高等院校较少，人才相对匮乏所致。也是基于这个原因，新疆大学从六十年代开始几乎就没有离开重点建设大学行列名单。新疆大学是我国研究中亚语言、历史和文化的基地，为“一带一路”提出了很多有意义的建议，是一所国家级战略院校。
石河子大学是为了培养建设新疆，农垦需要而建立的学校，因此他的农学和医学相对实力更强一些，毕竟建校之初的目的就在于此，难以改变。石河子大学为培养新疆基础建设人才做出了巨大贡献，也是因为这个原因，获得了国家大力的资金和项目支持，才有了石河子大学现有的局面。
新疆大学和石河子大学都位于祖国边疆，而且新疆历来是兵家必争之地，因此两所学校的作用也是不言而喻，主要目的是保卫边疆、建设边疆、稳定边疆的人才。也是基于这个原因两所学校虽然主要研究方向并不相同，但是目的高度一致，同时对中亚的影响和研究也大致相同。
我国发展战略主要集中在两条线上，一条是海上丝绸之路，主要是只通过南海到达非洲、欧洲等国家的航线；另一条就是通过中亚来贯通欧亚大陆的联系和发展。由此可见，新疆大学和石河子大学因国家战略需要，会得到更多的投入和支持，两所学校借此发展更具实力，在国内更有影响力，也是在所难免的事情。
多年来，新疆大学和石河子大学都是因地域原因发展的不尽如意，但未来二十年或许是全国发展最快的高校，因为这是国家战略的需要，也是中国工业化道路的必然选
