这是中国佛教史上的劫难，寺院被毁、佛像被熔、僧侣遭难、经卷被焚、因果轮回预示着佛教的在劫难逃，原来一切早有定数。当寺院经济兴起，所占天下户口居半时，劫难即将到来。不经历浩劫，如何有凤凰涅槃，在灭与不灭之间，不过是缘起缘灭，有神与无神之争，不过是佛教发展史上的一朵浪花。
魏晋南北朝时期，佛教逐渐兴盛起来，寺院僧侣由于一直享受着国家的免税政策，从而形成了以寺院为中心的独特的封建地主经济形式——寺院经济。这时佛教的流行，主要是得到了统治者的支持，统治阶级想利用佛教及其教义麻痹人民的思想，使其完全服从统治，另外一方面长期处于战乱中的人民，为了逃避杂税徭役之苦，宁愿出家当和尚或者成为寺院的依附民，甚至愿意做寺院的奴隶，因为寺院有免疫调租税的特权。
梁武帝时期，是南朝佛教最鼎盛的时代，仅南京城就有佛寺五百多所，僧尼十余万，加上寺院的依附民，天下户口的一半，都被寺院所占。这就导致官府所能控制的户口，越来越少，财政收入也大大减少，官府与寺院之间的矛盾，也就日益激化，最终导致官府开始严厉取缔佛教寺院，强制全部僧众还俗，也就是所谓的“灭佛”运动。
在中国历史上，曾经出现过“三武灭佛”事件，就是指北魏太武帝、北周武帝、唐武宗灭佛运动的合称。佛教史上称“三武”之厄，其中有两次，就发生在北朝，这些灭佛运动是怎么发生的呢？
北魏建立后和其他王朝一样，都比较推崇佛教，但是随着太武帝拓跋焘，东征西讨、人力不足的问题，就凸显出来了，而这时佛教徒还在不断增加，国家控制的户口，则日益减少。公元438年，拓跋焘下令50岁以下的沙门全部还俗，并从军打仗，以解决西伐北凉、人力不足的问题。公元444年拓跋焘又下令“自王公以下至于庶人、一概不准私养沙门、有私养的一律交出、如果过期不交，一经查实、沙门身死、主人门诛”。
公元446年拓跋焘在镇压盖吴起义时来到长安，其随从发现寺院内藏有武器，于是报告了拓跋焘，拓跋焘下令搜查，又发现了很多脏贿之物和密室等不法证据，原本就排斥佛教的拓跋焘，下诏灭佛：佛图形象及胡经尽皆击破焚烧，沙门无少长悉坑之。经灭佛推向了高潮，当时太子拓跋晃坐镇平城，他笃信佛教，所以一再上表，请求太武帝不要灭佛，但都未被采纳。但是却使平城灭佛的诏令延缓下发，使很多僧侣得以逃脱，大批佛经、佛像得以保留。但是北魏其他地区，则没有这么幸运了。寺院塔庙全部被毁，一直到太武帝驾崩，文成帝即位，佛教才开始逐渐恢复发展起来。
而同时佛教的第二次发展，也很快面临被灭的命运，而要再次镇压佛教文化的就是北周武帝宇文邕。宇文邕，字弥罗突、鲜卑族人，他即位之初政权掌握在宇文护手中，他韬光养晦、运筹帷幄诛杀了宇文护，开始掌握北周大权，北周武帝掌权后，做的第一件大事就是灭佛。相比较北魏太武帝灭佛，北周武帝灭佛，主要采取和平的手段，而且效果更好。
周武帝是我国历史上一位杰出的君王，他励精图治、勤于政事、生活简朴，但是当时佛教盛行，与政府争夺户口和劳动力，对于有志于完成统一大业的周武帝来说，佛教的盛行对他的事业是一大障碍。早在公元567年的时候，就有一个叫卫元嵩的人向周武帝建议灭佛，此建议真好符合周武帝的心意，于是周武帝决定灭佛，但是在灭佛之前，周武帝先后召开了多次大会，召集文武百官以及道士、僧人等共同讨论，是否应该灭佛，因为当时掌握实权的宇文护，是一个虔诚的佛教徒，所以对于灭佛一事，周武帝不敢轻举妄动。宇文护死后，灭佛再次被提上议事日程。
公元574年周武帝下诏：断佛、道二教，经像悉毁，罢沙门、道士，并令还民，并禁诸淫祀，礼典所不载者，尽除之。这一次不仅灭佛，而且还灭道，不过一个月后道观就被恢复了，所以真正受打击的是佛教。通过灭佛运动，国家的财政收入增加了，人民的负担减轻了，国力也大大增强了，为灭北齐奠定了坚实的基础。公元577年，北周灭北齐，当时佛教更盛，周武帝又把灭佛运动推广到北齐境内，寺院都赐给王公贵族当宅第，僧侣还俗、佛像、经卷全部被毁。周武帝虽然灭佛，但是他并没有屠杀僧侣，而是是几百万的僧侣变成了国家的编户，使国家的力量日益强大起来。
兴盛数百年的寺院和寺院经济，由于周武帝的灭佛受到了一次毁灭性的打击，这对于佛教发展史而言是一场劫难，但是对于当时的社会发展而言却是利大于弊。北周也在灭佛的过程中日渐强大，北方近半个世纪的割据局面结束了，长期割据的南北人民已经能看到全国统一的曙光了。北朝经历了两次大规模的灭佛运动，那么对于佛教所宣扬的有神论，是不是也反对呢？他们是不是坚定的无神论者呢？其实两次灭佛运动的出现，只是反映了当时佛教与官府之间出现了不可调和的矛盾，统治者的灭佛只是为了维护统治者的利益，与有神、无神论毫无关系，不过因为佛教的盛行，这一时期在思想界出现了一批坚定的无神论者，如孙盛、何承天、范晔、范缜等等，他们对鬼神及成佛成仙的思想进行了深入的揭露和批判。
其实早在东汉时期杰出的唯物主义思想家，王充就对神学展开了深刻的批判，他在《论衡》一书中就提出：万物由元气构成反对有鬼论，认为精神依存于形体，而到南北朝时期，随着佛教的盛行，反对有神论的思想也日渐盛行。其中最有影响力的当属南朝的范缜。范缜，字子真，出身士族家庭，不过家道中落，自幼父亲早亡，与母亲相依为命，但他学习刻苦、成绩优异，他生活的时代佛教盛行、灵魂不灭、因果报应等宗教思想，弥漫于整个朝野上至王公贵族，下到贫民百姓都笃定佛教，相信因果轮回，但是范缜对此却嗤之以鼻声称无佛，他的这一行为，引起了佛教信徒的极为不满。
公元489年，以萧子良为首的佛教信徒们，与范缜展开了一场大论战，在这次论战中，范缜以他的聪明机智、言简意赅把佛教信徒们批驳的无言以对，通过这次辩论，范缜觉得有必要将自己的观点加以系统的阐述，于是写出了著名的无神论著作《神灭论》。《神灭论》针对佛教宣扬的形神分离，形亡而神不灭的观点提出“形神相即”的观点，也就是说精神与形态是不可分离的，形态存在精神才存在，形体衰亡，精神也归于灭亡，在《神灭论》的最后部分，范缜还无情的揭露了，佛教的欺骗性和对社会的严重危害。
虽然范缜的思想受到时代和阶级的局限，有一定的缺陷，但是他的言论在当时却引起轩然大波，士林们纷纷争相传抄《灭神论》，萧子良虽然再次组织人员对范缜进行轮番轰炸，但是同样以失败告终。到梁朝时梁武帝笃信佛教，多次舍身出家，朝野上下崇佛信神，面对盛况空前的佛教，生性耿直，不怕威胁的范缜再一次向佛教发出了挑战，他将《灭神论》充实完善后，在亲友中传播，梁武帝为了让范缜放弃自己的主张，召集众多大臣、僧侣与范缜展开激战，结果众人都一一败下阵来，范缜以胜利者的姿态永载史册。
幸好，梁武帝并非残暴之徒，虽然对范缜的言论非常不满，但是却没有迫害范缜，终其一生，他既没有遭到贬黜，也没有得到升迁。《神灭论》一书也没有遭到毁禁。范缜以他深刻的思想，严谨的逻辑性超越了之前的所有唯物主义者，他那种为了捍卫真理而斗争的精神，更是难得可贵，在中国思想发展史上划下了灿烂的一笔。
在中国历史上，继北朝之后，又出现了唐武宗，后唐武宗灭佛运动，但是佛教劫后重生，深深融入到中华民族的骨髓之中，成为中华文化不可分割的一部分。继范缜之后又出现了唐朝吕才，元朝谢应芳，明朝王廷相等不少的无神论者，无畏地与有神论进行抗争。但是这依然阻挡不了佛教在中国发挥他的重要影响，直到今天那如天籁般的梵音，还回响在中国大地的上空。
