巨野县是传统农业大县，是小麦、棉花、玉米、大蒜等主产区，曾先后被确定为“总理基金麦棉两熟高产开发试验”基地、全国优质棉生产基地、全国粮食生产基地、优质专用小麦示范基地和鲁西黄牛、青山羊、小尾寒羊饲养繁育基地。近年来，该县通过产业调整，大棚蔬菜、优质瓜果、大蒜洋葱、油用牡丹等特色农产品遍地开花，现代农业生产呈现出一派欣欣向荣的大好景象。
巨野县始终把发展“一镇一业、一村一品”作为优化农业产业结构、加快实现农业现代化的重要抓手，立足各镇村现有产业基础和发展优势，结合脱贫攻坚，科学确定发展项目，着力加快无公害、绿色、有机食品生产，努力培育优质农产品品牌，有效增加农产品供给种类。目前，已发展“一村一品”重点镇5个、重点村52个，“三品一标”认证产品101个，培育农产品标准化生产基地28万亩。大谢集镇、大义镇吴集村被命名为全国 “一村一品”专业镇村，陶庙镇、万丰镇阚店村被评为省级示范镇村；董官屯镇舒王庄村已发展成为“全国乡村旅游模范村”“山东省最美乡村”“山东省乡村旅游示范单位”；独山镇曹楼村甲鱼养殖基地发展面积2000余亩，成为鲁西南规模最大的甲鱼培育基地。在大力发展特色农产品供给的同时，更加注重提高粮食生产质效，以国家级现代农业示范区建设为契机，全力加快万亩粮食高产创建示范方建设，确保粮食生产安全。目前，已完成麒麟镇、柳林镇2处5万亩粮食高产创建示范方建设，董官屯镇、田桥镇10万亩粮食高产创建示范方项目已完成小麦测产验收，粮食生产实现总量平稳、质效提升。
狠抓龙头企业带动，着力培育新型经营主体，支持鼓励农民加快土地流转，积极推广农业科技应用，推动适度规模经营。目前，全县已发展规模以上农副产品加工企业132家，其中山东佳农国际贸易有限公司被评为国家级农业产业化龙头企业，巨野恒丰果蔬有限公司、巨野县鲁奇皮革有限公司、山东晨农健康产业有限公司等3家企业被评为省级农业产业化龙头企业；培育农业专业大户254个，家庭农场44家，农民专业合作社1521户，其中巨野县天口福蔬菜种植专业合作社、巨野县龙福牛兔养殖专业合作社等2家合作社被评为国家级专业合作社，巨野县巨丰蔬菜种植专业合作社、巨野县鲁丰蔬菜种植专业合作社等11家合作社被评为省级示范社；完成土地确权登记颁证面积126.9万亩，实现土地流转17.1万亩。着力推进农业科技应用，实行测土配方施肥、病虫专业化统防统治、机械化统种统收等专业化服务，农业科技贡献率达55%，关键时节农业机械化率达90%，化肥、农药等生产资料使用量普降10%—15%，实现每亩生产成本普降10%—15%。
该县着力开展冬夏两季农田水利基础设施建设会战，深入开展小农水重点县工程建设，先后累计投入资金8.6亿元，治理县级重点河道10条、沟渠460条，新建、维修、配套桥涵闸等建筑物280座，埋设涵管1.8万米，新打机井3600眼，治理农村废旧坑塘20处、增加蓄水量160万立方米，发展高效节水灌溉面积26.3万亩，基本形成了“生产便利、旱涝保收”的生产格局。扎实推进省级涉水涉地资金整合试点工作，对重点河道、沟渠、桥涵进行升级改造，对农田机井进行优化布局，着力提升农田水利基础设施建设水平。开展试点工作以来，已统筹整合各部门涉农资金1.17亿元，建设项目涉及40个行政村，覆盖9.4万亩耕地。积极创新融资机制，大胆采取承包、租赁、拍卖、股份合作等形式，吸引社会资金支持农业基础设施建设，加快补齐农业发展短板。
