文章目录

R语言biom包安装和读取文件格式无法识别问题解决对于无法正常安装的方法，或者出现无法读取biom文件格式问题(可能不是文件格式原因而是包不能识别)可以尝试下面这种方法。

R语言biom包安装和读取文件格式无法识别问题解决

BIOM格式在R语言中通过biom包打开，包所在的官网为http://biom-/

官网的提供安装方法

To install this package, start R (version “4.1”) and enter，估计是4.1版本用的,不过我的版本是3.6.3版本这个方法也可以安装上。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("biomformat")

安装后读取biom文件时出现了问题，但是这是我之前没有遇到的问题，说格式不对，之前读取biom格式的时候是没问题的，所以我找到了github的原码安装一下居然可以了下面是报错信息

> read_biom("otutax.txt")Error in read_biom("otutax.txt") : Both attempts to read input file:otutax.txteither as JSON (BIOM-v1) or HDF5 (BIOM-v2).Check file path, file name, file itself, then try again.

对于无法正常安装的方法，或者出现无法读取biom文件格式问题(可能不是文件格式原因而是包不能识别)可以尝试下面这种方法。

/joey711/biom

点击download ZIP

下载之后解压文件

然后打开Rstudio或者R

install.packages("biom-master/",repos = NULL,type="source")library(biom)#可以读取文件了read_biom("otutax.txt")biom object. type: OTU table matrix_type: sparse 60 rows and 60 columns

安装时候可能安装失败，他说少了什么你就去安装什么就可以了