1273年，蒙军对樊城展开最后攻势。忽必烈甚至调来从西域俘虏的炮匠来到前线，造炮轰城。经过激战，蒙军烧毁了樊城与襄阳之间的江上浮桥，樊城彻底孤立。刘整率战舰抵达樊城城下，用炮轰开西南角，蒙军随即拥入城内。宋将的拼死反抗，蒙军为了震慑襄阳，蒙军在樊城陷落后将樊城内的军民全部屠杀干净。樊城陷落后，襄阳更加陷入绝境。吕文焕多次派人向南宋朝廷告急，终无援兵。吕文焕只得令襄阳城中军民把房屋拆了当柴火烧，1273年2月，阿里海牙由樊城攻打襄阳，炮轰襄阳城楼，城中军民人心动摇，将领纷纷出城投降。蒙军在攻城的同时，又对吕文焕劝降。吕文焕觉得自己对南宋朝廷已尽到责任，如今再进行抵抗已无意义，再抵抗只能使襄阳城中百姓遭到如同樊城一样的屠杀，最后只得投降。客观地说，吕文焕在襄阳守卫战中与蒙军前后厮杀五年，的确可称英雄。可惜晚节不保，尤其投降蒙古后又成为蒙古灭南宋的先锋，纵有千般理由，终不免遗臭万年。
宋朝依靠先进的造船技术、航海技术和地缘优势，建立了当时世界上最强大的海军。配备火药火器的铁甲战舰是国之重器，曾重挫北方游牧民族。文天祥曾说：“夫东南之长技莫如舟师，我之胜兀术于金山者以此，我之毙逆亮于采石者以此。”宋建炎四年（1130），金军“搜山检海”以擒“航海避兵”的赵构，无果后北撤至常州。宋金各派精锐水师战于长江之上，宋军奋勇杀敌，不谙水战的金军难以招架，只得败退而未能渡江北去。兀术不敢再战，率十万兵马退入黄天荡，企图从此渡江北逃。韩世忠率部八千，以百余艘海船，困敌十万兵马于黄天荡四十八天，歼敌万余。后有汉奸向金兵献舟中载土之法，在无风之日以小舟火攻宋船，金兵乘机冲出黄天荡，向北逃过长江，撤回黄河以北地区。
绍兴三十一年（1161年），120艘战船和3000人组成的南宋舰队与700余艘战船和7万人组成的金国舰队，在胶州湾口外陈家岛一线打了一场遭遇战。由于金兵不识水性，不谙海道，虽阵容强大，却不敢冒进，停泊于胶州湾口外陈家岛一线。南宋舰队在迎击金国舰队的途中，收容了从金营中前来投诚的数百名汉族士兵，并从中摸清了仅有一山之隔的金国舰队的详细情况。南宋舰队借助风势，迅速包抄敌人，并向金国舰队发射火箭，慌忙张帆的金国舰队顿成一片火海。金兵见状纷纷弃船逃命，宋兵跳上金舰奋勇杀敌，除3000幸存的金兵阵前跪降外，余者或被淹死，或被烧死，或被杀死。
可蒙古自刘整投降献策起，蒙古水军迅速强大起来，在两国水军交战中，南宋海军已无优势可言。公元1274年，忽必烈诏令伯颜为总司令、阿里海牙以及襄阳降将吕文焕为副总司令，率领二十八万部队、数千艘战船，大举征伐南宋。配置强大火力的蒙古战舰，所向披靡。战略重地鄂州的守将张晏然和程鹏飞不仅献出了城池，他们的军队也没被解除武装，而是被直接编入蒙古军中，由阿里海牙指挥。黄州守将陈奕献出了城池，被封为“沿江大都督”，其子陈岩官拜涟州知事，见到父亲的劝降书，也立即投降了。蒙古军以强大的阵容欲取九江，九江的江西安抚使钱真孙、六安军曹明、南康军叶阊等相继投降。沿江而下的元朝征讨军，势如破竹，几乎没有遭到抵抗，反倒充实了不少降将降兵，兵力更强。决战关头，南宋军队以步军指挥使孙虎臣为前锋，夏贵的两千五百艘战船密布江面，贾似道亲统后军。元军隔江用“回回炮”攻击南宋战船，炮声隆隆，百里回响，夏贵的司令船率先逃走，贾似道只好仓皇“鸣金收兵”。后来，南宋水军、步军在元军的攻击下，溃不成军，走死逃亡，贾似道和孙虎臣乘小船狼狈逃往扬州，夏贵次年投敌，南宋主力军损失殆尽。
就在南宋处在风雨飘摇之际，蒲寿庚叛变投敌，成为压垮南宋的最后一根稻草。蒲寿庚是宋元时期的知名人物，是阿拉伯人后裔，祖上从阿拉伯到占城（越南）做生意的商人。后来祖上从占城迁到广州，在蒲寿庚小时候他父亲又举家从广州迁到福建泉州。蒲家做的是大宗香料贸易，甚至垄断了泉州香料的海外贸易，所以蒲氏家族在在泉州地区影响力非常大。南宋每年的贸易量超过世界上其他国家同期的总和，中国商人基本控制着从中国沿海到非洲东海岸、红海沿岸主要港口。作为海关机构的市舶司每年创造的关岁竟达岁入的20%，成为南宋的重要收入，而“藩客回回”蒲寿庚竟把持南宋市舶司长达30余年。
1276年，蒙元军队攻占了南宋的都城临安，也就是今天的杭州，俘虏了只有5岁的南宋小皇帝恭宗。南宋大臣陆秀夫、文天祥、张世杰等人不得不带着另立的幼主一路南逃，准备在泉州建都。然而作为泉州实权人物的蒲寿庚此时已经投靠蒙古人，他命令不得打开泉州，拒绝陆秀夫、文天祥、张世杰等人入城。气的张世杰抢走停泊在法石一带的蒲家海舶400多艘。这下子同样激怒了蒲寿庚，为了出口恶气，他命令杀光以前就定居在泉州的南宋宗室3000余人。后来，蒲寿庚又配合元朝军队进攻广州，在广东江门崖门一带打了着名的崖山海战。在这场海战中南宋残军全军覆灭，陆秀夫背着幼主投海自尽，南宋许多忠臣及忠于大宋的人们也都纷纷跳海殉国，共计十万人左右。后世有人认为崖山海战标志着华夏文明的衰败与陨落，所以才有了“崖山之后无中华”的说法。
朱元璋当皇帝后，做了一件狠事，把蒲寿庚挖出来鞭尸，并罚其后人永世为奴。但这件狠事，后世人并没有骂朱元璋，还夸他做得对，做得好，大快人心。
