1661年8月12日，缅王突然发动袭击，派三千士兵包围永历帝君臣，杀光了所有大臣和侍从，只留下永历帝一家软禁起来。这就是著名的“咒水之难”。
1662年初，吴三桂率领的满、汉大军迫近缅甸阿瓦，致书缅甸国王要求交出永历君臣，否则兵临城下。缅王大惊，立即将永历帝连座椅用轿子抬走，连忙献给吴三桂。
清人笔记《行在阳秋》记载了永历帝与吴三桂的唯一一次见面。
当时，吴三桂将永历帝安排在公所，永历帝一夜未眠。第二天一早，吴三桂进见，神态很是倨傲，见到永历帝没有跪拜，只是长揖而已。
永历帝问你是谁？吴三桂被问了几次，才回答。
永历帝一听是引清军入关的吴三桂，连发三问：
“汝非汉人乎？汝非大明臣子乎，何甘为汉奸叛国负君若此？汝自问汝之良心安在？”吴三桂听了这诛心的三问，“缄口伏地若死人，左右扶之出，则色如死灰，汗浃背，”从此再也不敢见面。
吴三桂将永历帝转移到昆明，城中许多百性眼见大明天子蒙难，纷纷落泪。
按理，永历帝应该押解到北京，但吴三桂担心路途遥远发生意外，就上疏建议就地处决，得到了清廷的同意。
1662年4月25日，朱由榔父子被处死。
当时，吴三桂命令斩首，满洲将领反而不赞成，定西将军爱星阿说：“永历尝为中国之君，今若斩首，未免太惨，仍当赐以自尽，始为得体"，安南将军卓罗也说：“一死而已，彼亦曾为君，全其首领可也。”
于是，朱由榔父子被抬到一座山坡，被士兵用弓弦绞死，随即用柴薪火化，捡大骨回去作证，云南老百姓则偷偷将剩余的骨骸葬于太华山，就这样，大明最后一位天子凄惨的消失在历史的尽头。
