海军司令部
副参谋长：
季麟连（～1999.12.27～）、雷光墅（～2000.07.11～2001.09.23～）、徐台生（～2002.07.20～.05.10～）、叶巨（～.06.28～.12.18～）、徐尚文（～.05.19～）、姜龙安（～.03.17～）、叶锦祥（～.09.29～.06.30）、李将军（～.03.13～.05.13～）、陈将军（～.10.28～）、陈福海（～.02.27～.03.31）、朱从荣（～.12.17～.12.31）、许培山（～.05.20～）、潘进隆（～.06.19～.09.30陆战队指挥官接夏复华）、陈子凤（.10.01交陆战队参谋长～.10.14～）、周玉峰（～.03.29～.04.17～）
副督察长：
万尚俊（～.01.31）→张将军（～.05.08～.09.18～）→陈将军（～.07.01～）→淡志隆（～.06.19～.12.04～）
军务署长：
雷光墅（～1999.08.31～）→军务处长：温在春（～2000.09.26～.03.11～）→袁恒（～～）→戴庆正（～.08.19～.08～）→胡炳仁（～.05～.03.17～）→萧维民（～.05.16～）
战备训练署长：
陈永康（～.09.01～.09.06～）→李晧（～.06.15～.08.16～）→范宝华（～.09.02～）→卢前悌（～.01.02～.11.19～）→高天忠（～.04.13～）→岳国庆（～.08.26～）
后勤处长：
周薛萍（～.05.02～）→尚永强（～.06.27～）→曾缘雄（～.09.20～）
战斗系统处长：
戴将军（～.05.17～）→霍立青（～.12.28～）→孙海涛（～.05退伍）→霍立青（～.11.19～）→周美伍（～.06.19～.12.04～）
主计署长：
高国哲（～2001.01.20～）→何将军（～.10.31）
计划处长：
计划署长洪振洛（～1999.07.27～1999.11.29～）→龚家政（～2000.09.26～2001.07.24～）→董翔龙（～2002.05.21～.04.22～）→罗贻龙（～.03.11～.07.13～）→李喜明（～.04.04～）→朱从荣（～.11.27～.10.15调战计委员）→蒲泽春（～.09.09～.07.28～）
舰队指挥部
副指挥官：
申伯之（～.04.01～.09.12～）→李肇鹏（～.10.20～.11.15～）→萨晓云（～.01.15～.06.03～）→王昭举（～～）→马振昆（～.03.30～.08.14～）
参谋长：
王长锐（.12～.07.31海军官校校长接申伯之）→袁将军（～.09.09～）
副参谋长：
李华新（～.12.26～.03.25～）、陶东浩（.03.01交情报次长室助理次长～）、迟名琳（.04.01～.04.28～）
海洋监侦指挥部指挥官：
萨晓云（.05.01代指挥官～）→周将军（～.05.29～.10.31）→曲良治（.11.01～.12.04～）→丘树华（～.12.29～.10.31～）→王将军（～.01.18～）
124舰队长：
张志澄（～1999.12.16～2000.02.16～）→李喜明（～.09.19～.12.29～）→陈将军（～.01.29～.03.25～）→霍立青（～.10.21～.03.30～）→马振昆（～.12.21～.11.19～）→刘志斌（～.05.15～.06.11～）
124副舰队长：
李华新（～.04.27～.05.25～）→杜承谋（～.01.01～.05.28～）→刘志斌（～.07.01～）→周兴国（～.07.01～）
131舰队长：
申伯之（～2000.08.18～）→姜龙安（～2001.06.21～）→王长锐（.02交146副舰队长～.06接151舰队长）→许培山（～.11.24～）→李华新（～.10.30～.06.20～）→卢前悌（～.12.20～）→萧维民（～.01.22～.09.07～）→胡炳仁（～.09.13～.01.09～）
131副舰队长：
郑屏阳（～2000.04.23～）→张凤强（～.10.06～.10.25～）
146舰队长：
万尚俊（～1999.07.16～1999.10.16～）→谢东生（～2000.01.07～2000.09.17～）→谢政（～2002.12.21～2002.12.25～）→袁中兴（～2002.07.01～.07.27～）→王昭举（～.12.28～.06.10～）→陈新发（～.12.09～.06.30～）
146副舰队长：
王长锐（.05交151副舰队长～.02接131舰队长）→王继开（～.10.17～）→胡展豪（～.01.01～.05.28～）
151舰队长：
王长锐（.06交131舰队长～.12接舰队司令部参谋长）→刁中杰（～.09.18～.05.29～）→陈将军（～.09.09～.12.09～）→杜承谋（～.07.01～.11.07～）→周兴国（～.04.03～.06.28～）
151副舰队长：
王长锐（2002～.05接146副舰队长）→刁中杰（～.07.01～）→杜承谋
168舰队长：
张兀岱（～1999.08.16～）→董翔龙（～1999.11.16～2000.01.26～）→李肇鹏（～2002.09.04～2002.10.31～）→蒲泽春（～.02.08～.10.16～）→周美伍（～.01.23～.02.28海军学院院长接罗贻龙）→黄曙光（～.04.21～.10.31接舰队指挥部副指挥官）→岳国庆（～～接司令部战训处长）→张凤强（～.07.24～.08.20～）
168副舰队长：
汪将军（～.09.28～）→张凤强（～.01.01～.10.25～）
192舰队长：
淡志隆（～.02.06～.10.19～）→高将军（～.01.22～.10.07～）→曲良治（～.03.29～.10.15～）→丘树华（～.11.05～.01.07～）
256战队长：
丁剑清→李喜明（～2000.10.11～）→王天德（～.07.29～.08.31接人力司处长）→王昭举（.09.01～.11.07～）→黄曙光（～.03.25～）→陈荣信（～.07.01～.02.26～）→迟名琳（～.01.01～.03.31）→高嘉滨（.04.01～.07.01～）
261战队长：
成军：汪能安（.05.23～.05.23）→陈新发（～.01.01～.10.14～）→梅家树（～.12.31～）→唐华（～.12.31～.03.13～）
航空指挥部指挥官：
江定慧（～2001.09.20～.01.16～）→马建忠（～.09.22～.09.01～）→袁嘉量（～.01.02～.11.25～）→赵秋瀛（～.05.29～.05.08～）
陆战指挥部
副指挥官：
洪中旭→徐台生→魏为平（～2002.01.30～.05.06～）→叶锦祥（～.06.09～）→许鸿声（～.01.03～.10.09～）→郑世才（～.01.09～.12.05～）→夏复华（交后备事务司军事动员处长～.03.12～.09.30陆战队指挥官接徐尚文）→潘进隆（交三军联训基地指挥官～.01.27～.04.14～接司令部副参谋长）→王建发（～.08.31～.05.24～）
参谋长：
徐台生→郑世才（～2001.12.21～）→许鸿声（～2002.01.04～）→王亚洲（～.12.19～.11.06～）→王建发（～.01.19～.03.16～）→陈子凤（～.02.22～.07.07～）→张北海（～.09.13～）
副参谋长：
叶锦祥（～.10.30～）
66旅长：
许鸿声（～1999.10.15～）→夏复华（～2002.07.01～.02.19～）→陈福海（～.02.02～.04.29～）→余华庆（～.03.16～）→王建发（～.08.07～.12.31）→陈子凤（.01.01～.12.25～）→廖宏杰（～.02.06～.12.14～）→黄恺（～.06.13～.08.24～）
77旅长：
王亚洲（～.10.05～）→郑世才→吴添福→桂瑞华→王建发（～.03.20～.05.29～）→潘进隆（交乌坵指挥部指挥官～.08.03～.10.30～接三军联训基地指挥官）→张北海（～.08.14～.03.19～）→张健群（～.01.01～）
99旅长：
徐尚文（～2000.09.11～）→叶锦祥（～.05.10～）→王亚洲→蒋远平（～.03.20～.08.15～）→侯舜仁（～.08.05～.08.21～）→黄花麟（～.01.28～.01.20～）→黄铭仁（～.10.14～.11.05～）→黄恺（～.01.01～）
三军联训基地指挥官：
徐尚文（～1999.09.05～2000.07.27～）→魏为平（～2000.08.24～2001.06.15～）→蔡添福（～2002.05.17～）→郑世才（～.03.22～）→夏复华（～接后备事务司军事动员处长）→陈福海（～.12.27～.06.30）→潘进隆（交77旅长～.11.18～.10.05～接海军陆战队副指挥官）→朱建华（ ～.12.24～.11.02～）→梁明德（～.07.01～.08.24～）
陆战队学校校长：
蔡添福→王大庸（～2002.07.10～）→陈卓庆（～.12.19～.10.31）
乌坵指挥部指挥官：
蔡添福（～2000.05.16～）→叶锦祥→王亚洲→陈福海→陈卓庆→潘进隆（～.02.02～.06.12～接77旅长）→朱建华（～.02.25～.05.20～）
教育训练暨准则发展指挥部
教准部副指挥官：
陆经纬（交168舰队舰队长～.01.02～.09.17～）→王长锐
海军技术学校校长：
首任：兰宁利（1996.08.01交航海学校校长～1996.12.31）→董少明（1997.01.01交168舰队副舰队长～1997.03.31）→谢东生（1997.04.01～1998.10.31）→雷光墅（1998.11.01交124舰队舰队长～1999.02.28）→刘永康（1999.03.01交151舰队舰队长～2000.02.15）→姚智耀（2000.02.16交192舰队舰队长～2001.05.31）→濮海虎（2001.06.01交124舰队舰队长～2002.07.31）→王永年（2002.08.01交总司令部情报署署长～.07.31）→袁嘉量（.08.01交124舰队舰队长～.10.31）→吴济时（.11.01交146舰队舰队长～.10.31）→教准部副指挥官兼任→陆经纬（.11.01～.02.29）→张炳堂（.03.01交司令部副督察长～.04.30）→王长锐（.05.01海军官校校长交陆经纬～.06.30接司令部督察长）→周玉峰（.07.01交司令部战训处长～.07.31）→杜承谋（.08.01交151舰队舰队长～）
保修指挥部
指挥官：
许国智（～.02.26～.10.05～）→尚永强（～.10.21～.05.01～）
后勤副司令：
周薛萍（～2002.12.09～.07.02～）
后勤司令部第五造船厂长：
李肇麟（～1999.08.31～1999.09.02～）
苏澳后勤支援指挥部指挥官：
陈台安（～.10.31接左营后勤支持指挥部指挥官）→李允中（～.03.05～.01.23～）
左营后勤支持指挥部指挥官：
周薛萍（～2002.04.01～）→陈台安（.11.01交苏澳后勤支援指挥部指挥官～.01.09～）→许国智（～.05.04～.02.05～）→曾缘雄（.02.26～.05.03～）→尚永强（～.08.01～.02.28～）→李允中（～.05.23～.11.22～）
马公后勤支援指挥部指挥官：
邓崇朴（～2000.05.04～2000.12.03～）→李明范（～2001.05.04～）→何国祥（～2002.07.01～2002.12.08）→陈益森（2002.12.09～）→王钟辉（～.10.19～.01.25～）
造船发展中心主任：
朱从荣（.03.16～.09.09～）→陈荣信（～.03.01～.03.15～）
军官学校教育长：
郭文中（～.12.06～）
战系厂厂长：
朱伯苍（～.04.03～.01.01～）→林嘉庆（～.07.08～.04.18～）
