公元1363年，朱元璋击败陈友谅，取得鄱阳湖水战的胜利，旗下水师主要由巢湖水师和元朝水军投降而来，是明朝水师的前身。
洪武初年，明朝在首都南京城新江口设立水师营，造船四百艘，所辖沿江诸郡，上自九江、广济，下抵苏州、泰州，中包安庆、太平。
洪武三年（1370年），“倭夷寇山东，转掠温、台、明州傍海之民，遂寇福建沿海郡县。”
明朝为了解决倭寇的侵扰，置水军等二十四卫，每卫船五十艘，军士三百五十人缮理，明朝水师正式成立。
洪武十七年（1384年），降明大将军方国珍的侄子方鸣谦提出：
“倭海上来，则海上御之耳，请量地远近置卫所，陆聚兵，水具战舰，错置其间，倭寇不得入，入亦不得登岸，则可制矣。”
建议获得朱元璋的肯定，成为明初海防建设的基本思路。
洪武二十年（1387年），江夏侯周德兴前往福建御倭，建立陆上卫所制度和海上水寨体系。
卫所制度是在重要的城镇设立卫，在小道和孤立的关隘设立千户所和百户所。
统领5000人者为指挥使
领1000人者为千户
领100人者为百户
领50人者为总旗
领10人者为小旗
每卫下辖5个千户所，共5600人，
每千户下辖10个百户所，共1120人，
每百户下辖总旗2人、小旗10人、士兵100人，共112人。
水寨体系分为五寨：
烽火门水寨
小埕水寨
南日水寨
浯屿水寨
铜山水寨
水寨是设立在岛屿上的防御据点，多在江河出海口或海上航道交汇之处附近的岛屿上。
以水寨为中心，周围约500里范围是其管辖的领地，称为信地。水寨是明代海防的第一条防线，寨中有众多房屋，供士兵居住，还可以供船只停靠补给。
烽火门水寨共有官兵1000余人，战船45艘。
其中福船2艘，每艘船员56人
哨船1艘，船员36人
东船20艘，每艘船员34人
鸟船2艘，每艘船员18人
唬船20艘，每艘船员20人
卫所和水寨都是隶属于中央的军事机构，地方州县并没有调遣之权，为了增强地方政府的海防能力。
洪武二十六年（1390年），明朝建立了供地方政府调遣的民兵系统，由巡检司来统辖：
“滨海卫所每百户置船二艘，巡逻海上盗贼，巡检司亦如之。”
洪武末年，明朝基本建立起了沿广东到辽东，由卫所、水寨和巡检司构成的海防体系。
明朝水师从建立到发展壮大的每一步都经历了战争的洗礼。
生擒陈祖义
永乐三年（1405年），郑和第一次下西洋，在马六甲海峡遭遇盘踞在旧港一带的海盗陈祖义，郑和率领船队大败陈祖义，杀贼党五千余人，烧贼船十艘，一举剿灭了旧港海盗集团。
此战对南洋藩国影响深刻，诸夷闻之震慑，真天威也。
明朝在近海和远海的军事行动保障了朝贡贸易能够顺利进行。
“及临外邦，藩王之不恭者，生擒之；
蛮寇之侵略者，剿灭之。”
屯门海战
正德十六年（15），广东海道副使汪鋐率领明朝水师击退盘踞在屯门地区的葡萄牙殖民者，这是中国历史上第一次对抗西方殖民者的海战。
西草湾海战
嘉靖元年（15），明军在广东新会西草湾再次击败葡萄牙海军，并缴获两艘葡萄牙战舰。
露梁海战
万历二十七年（1598年），明朝与朝鲜联军在露梁海峡击败日本丰臣秀吉的军队，这是万历抗倭援朝最后一场大决战，以明朝水师的胜利告终。
料罗湾海战
崇祯六年（1633年），郑芝龙率领的明朝水师在福建金门料罗湾与荷兰东印度公司水军展开激战，明朝水师以绝对优势击败了荷兰舰队。
明朝水师从舰队规模、武器装备和对周边国家的威慑力都达到了中国历史的巅峰，是当时全世界最强大的海上力量。
到崇祯末年，明朝水师虽逐渐势微，但长江水师和东南水师加起来仍有十几万人，战舰上千艘。
如果在朝鲜登陆，拥有近300年丰富作战经验的明朝水师击败没有海上力量的清军应该是意料之中的事。
