棉花是全球最重要的经济作物之一，约占世界5%的耕地（大约3300万公顷）用于棉花种植。棉花是世界最大的纤维作物和纺织工业原料。棉纺织品具有优越的透气性、舒适性、保暖性，深受人们的喜爱。棉花除了它的经济价值，也被作为研究植物多倍体化、细胞伸长和细胞壁生物合成的模式系统。目前广泛栽培的陆地棉和海岛棉为异源四倍体AD基因组，是由二倍体A基因组亚洲棉（G. arboreum）或草棉（G. herbaceum）和D基因组雷蒙德氏棉（G. raimondii）的相似种杂交，并经过自然选择和人工驯化而来的。
特别值得一提的是，初步统计，自以来，棉花基因组及功能基因组领域共发表1篇Nature，9篇Nature Genetics和2篇Nature Biotechnology，除Nature论文之外，其余均为由中国科学家主导完成的，表明我国棉花领域的研究在国际上处于领先地位。相关论文信息如下：
1.，武汉大学高等研究院朱玉贤院士团队在国际期刊Nature Genetics发表了题为“Genome sequence of Gossypium herbaceumand genome updates of Gossypium arboreumand Gossypium hirsutumprovide insights into cotton A-genome evolution”的研究论文。该论文基于组装的三个高质量棉花参考基因组进行基因组进化、比较基因组以及群体遗传等分析，解决了异源四倍体供体和A基因组起源进化的问题，通过开发新方法探究棉属转座子爆发事件，最后从结构变异位点方面阐明四倍体在纤维长度等方面优于二倍体的原因。这一系列研究成果不仅为科学社区提供了基因组和遗传资源，以便于遗传进化、比较基因组分析和分子改良育种，而且，解决了困扰已久的棉花A基因组进化起源问题，这些具有较高的科学价值，兼有重要的现实意义，将加快棉花遗传育种改良进程。
2. ，浙江大学农学院张天真教授团队在Nature Genetics发表了题为“Gossypium barbadense and Gossypium hirsutum genomes provide insights into the origin and evolution of allotetraploid cotton”的研究论文，报道了陆地棉和海岛棉的起源和种间分化的遗传机制，揭示了陆地棉广适性、长绒海岛棉优质的遗传基础。
3. ，华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室张献龙教授团队与合作者在Nature Genetics在线发表了题为“Reference genome sequences of two cultivated allotetraploid cottons, Gossypium hirsutumand Gossypium barbadense” 的研究论文。该研究利用三代测序组装技术、Hi-C染色体挂载技术以及光学图谱完成了异源四倍体棉基因组从二代向三代的升级。三代陆地棉和海岛棉基因组具有高度连续性，高度重复区具有更高的完整性等优点。
4. ，中国农科院棉花研究所李付广团队、杜雄明团队和武汉大学朱玉贤院士团队合作完成的题为“Resequencing of 243 diploid cotton accessions based on an updated A genome identifies the genetic basis of key agronomic traits”的研究论文。该文利用三代测序技术PacBio并辅助Hi-C技术，对二倍体棉花亚洲棉基因组进行了升级，在此基础上对243份二倍体亚洲棉和草棉进行了重测序。
5.，河北农业大学马峙英教授团队和中国农业科学院棉花研究所杜雄明研究员团队在Nature Genetics发表了题为“Resequencing a core collection of upland cotton identifies genomic variation and loci influencing fiber quality and yield”的研究论文，标志着我国在棉花基因组变异和纤维性状遗传领域取得重大进展，棉花核心种质重要性状表型、基因组变异和分子标记鉴定以及新基因发掘跃居国际领先行列，为深化作物基因组研究提供了重要依据，为棉花重要性状定向育种提供了较为精准的标记和基因资源。
6. ，南京农业大学张天真教授团队和中国农业科学院棉花研究所杜雄明研究员团队在Nature Genetics发表了题为“Genomic analyses in cotton identify signatures of selection and loci associated with fiber quality and yield traits”的研究论文。该研究通过对318份棉花品种(系)的全基因组重测序，揭示了从“美棉”品种改良为全球最大纤维作物品种改良的遗传基础和演化规律，鉴定出25个品种改良相关位点和119个产量、纤维品质、黄萎病抗性等关联位点。尤其是鉴定出能同时提高2-3个产量性状或纤维品质性状的关联基因，为棉花“精准育种”提供了优异的基因资源和理论指导，具有非常重要的应用价值。
7. ，华中农业大学张献龙团队在Nature Genetics发表了题为“Asymmetric subgenome selection and cis-regulatory divergence during cotton domestication”的研究论文。该研究首次提出了棉花纤维驯化的遗传学基础，阐述了驯化对基因转录调控的影响。这项研究在植物中对非编码区的调控变异进行分析，为在其他物种中挖掘功能变异提供了重要参考。
8. ，中国农业科学院喻树迅研究员、李付广研究员以及北京大学朱玉贤教授合作在Nature Biotechnology上发表了题为“Genome sequence of cultivated Upland cotton (Gossypium hirsutum TM-1) provides insights into genome evolution”的研究论文，完成了世界上广泛栽培的陆地棉（Gossypium hirsutum）的全基因组测序及图谱绘制。
9. ，南京农业大学的张天真教授、郭旺珍教授以及德克萨斯大学奥斯汀分校的陈增建教授在Nature Biotechnology发表了题为“Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) provides a resource for fiber improvement”的研究论文，完成了陆地棉(Gossypium hirsutum)全基因组测序和图谱。
10. ，中国农业科学院的喻树迅研究员、李付广研究员、华大基因研究院的王俊博士和北京大学朱玉贤教授在Nature Genetics上发表了题为“Genome sequence of the cultivated cotton Gossypium arboreum”的研究论文, 完成了二倍体棉花-亚洲棉（Gossypium arboreum）全基因组测序及图谱绘制。
11. ，中国农业科学院的喻树迅研究员、华大基因研究院的王俊博士和北京大学的朱玉贤教授合作在Nature Genetics上发表了题为“The draft genome of a diploid cotton Gossypium raimondii”的研究论文，布了二倍体棉花雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii）的草图基因组。
