哲学是研究问题的基本方法论和价值取向。它是所有自然科学研究之父，它不同于数学，数学是研究变量之间关系和空间位置，数学是一种建模后逻辑推理，它是科学之母。(个人理解，科学只有借助数学验算才能发现最后蕴藏在背后规律)。哲学是有严密逻辑系统的宇宙观，它研究宇宙的性质、宇宙内万事万物演化的总规律、人在宇宙中的位置等等一些很基本的问题。
科学首先探寻某一具体的、个别的对象的本质,然后再探究其他与之有联系对象的本质。在这个世界中我们认知的对象是有限的,而未知的对象是无限的,自然科学研究的对象正是这个世界,所以自然科学的研究必然会遇到有限与无限、方法与目标之间难以解决的矛盾,实证的方法所能研究和证实的只能是有限事物的有限的方面,而不可能是无限世界的本原,所以只好凭借知性的思辨来解决问题,这就在科学中引入了哲学。
当然，科学和哲学，又是相互相成的，因为人生对于真理探究中，总是蜿蜒曲折的。一个时期哲学，一定受着当时科学对现象认识，从而在方法论上也受极限性。并且在哲学史上关于哲学三次变革，都是在物理学发展过程中，引起人类对于方法论升华。
在西方，这三次思维层面变革，都是决定于当时科学对于世界观变化。思维第一次是发生在法国哲学家笛卡尔的主体性思维变革哲学体系，使得哲学的关注对象从纯粹的客体客观，而转向了主体。第二次变革就是康德认为的人类认识论上的哥白尼式变革的；第三次变革而人们普遍地同意认为是价值哲学的变革，也就是量变和质变关系问题。
大家都知道，真正让哲学脱胎成为所有科学之父，应该是十九世纪。细胞学说、能量守恒和转化的原理及达尔文的生物进化论三大发现，给辩证唯物主义自然观的产生提供了可能。自然辩证法为科学真正意义上提高一种朴实方法论和价值观。提问者所说当年以量子论和相对论让传统哲学难看甚至出现不正确，恰恰证明自然辩证法作为科学最高层次方法论正确性。在中国，一些人打着继承传统口号，完全忘记儒学本质是反科学，儒学最大贡献在于给中国传统社会建立一种秩序，当然这种哲学观在某些价值观里还有有很多意义，但是绝对不应该成为科学指导意义上哲学，儒学范围是伦理，这一点请提问者严格区分。
