工作性质（公务员从事国家行政事务性工作，事业编人员从事社会公益性工作）；工资收入（公务员按照《国家公务员管理条例》的规定发放，事业编人员根据各地、各单位的不同经济状况发放）；保险福利（事业编人员比公务员有更大的灵活性）；用人方面（公务员参照《国家公务员管理条例》，事业编人员参照国家劳动法有关规定）。
工作性质不同：公务员从事的主要是国家行政事务性工作；事业编人员从事的主要是社会公益性工作，或者说是非营利性的工作。
工资收入不同：公务员的工资收入是按照《国家公务员管理条例》的规定发放，并根据国家财政状况进行调资；事业编人员的工资收入则根据财政拨款的不同性质有很大差别，分为全额拨款单位，部分金额拨款单位，市场化方式运作单位等，根据各地、各单位的不同经济状况，有很大不同。
保险福利不同：公务员享受的保险福利是按照《国家公务员管理条例》的规定执行；事业编人员享受的保险福利是按照国家有关的社会保障规定执行，相对于公务员来说，有着更大的灵活性，根据各地、各单位的不同经济状况，有很大不同。
用人方面不同：公务员的录用、提升、退休、辞退、辞职等是按照《国家公务员管理条例》的规定执行；而事业编人员的录用、提升、退休、辞退等是按照国家劳动法的有关规定执行。但事业单位对人员的管理权限要大一些。
