左拉说，他所倡导的自然主义文学，不是一种新的发明，自然主义是人类生命的自然流露，“它产生于事物的永恒的内核，产生于每位作家所感到的以自然为立足点的必要性”。他只是将这个词应用于民族文学发展的现阶段而已。
在左拉看来，世上万事万物都具有自己的一种“永恒的内核”，这种“内核”就是万物的“生命”，是一种遗传基因，在不同的时代和不同的文明中而有不同的表现形式。只有抓住了这个“内核”，才算抓住了本质，才能发现事物的进程和规律。
左拉还概述了自然主义的历史发展。自然主义这条脉络，一直深人到往古的一连串时代之中。他认为自然主义从人类刚开始写作第一行字起就存在了。
他愿意承认荷马是一位自然主义诗人。但是，自然主义的胜利实际上是从18世纪开始的。在那个世纪，科学已经遍地开花，理性终于成为科学和哲学中的权威。人类就是以自然为基础，以实验方法为工具而进人新世纪的。但这种胜利还只是开始，只有到了19世纪，才是自然主义胜利的时代；具体说来，“自然主义是随着巴尔扎克的胜利而胜利”的。
至于浪漫主义，左拉认为它“未曾适应任何永恒的事物，它只不过是怀念的世界，怀念一声战斗的号角的思想病，在自然主义的面前就崩溃了”。归根结底，真实、现实对他们并不重要，这就决定了浪漫主义文学必然衰落的命运。浪漫的热情过后，冷静的现实迫使艺术家重新走上返回自然的道路，从人的内核认识人，于是自然主义在文学中就应运而生。
“自然主义就是回到自然，就是当学者们一旦发觉应当从研究物体和现象出发，以实验为基础，以分析为手段的时候所创立的做法。
文学中的自然主义同样是回到任何自然，是直接的观察、精确的解剖以及对世上所存在的事物的接受和描写。”从自然科学所要求的只承认客观既成事实的实证精神出发，左拉指出，“想象不再有用武之地”。情节对小说家来说也无关紧要，他也不必操心故事的编排、前后的承接和结局。“必须按照本来的面目去接受自然，既不对它作任何改变，也不对它作任何缩减；对于以它本身来提供一个开端、一个中段和一个结尾来说，它已是足够优美、足够宏伟的了。”小说家不需要去构想一段惊险故事，把它复杂化、也不需要用戏剧手段来安排情节；只需要在现实生活中取出一个人或一群人的故事，忠实地记载这个人或这群人的行为即可。
因此，小说家的最高品质是真实感而不是想象。在过去，大仲马、雨果、乔治·桑等想象出充满情趣的人物和故事，激动了整个一代人，但是，从来没有人把想象加于巴尔扎克和司汤达的头上。人们总是谈论他们巨大的观察力和分析力；他们伟大，因为他们描绘了他们的时代，而不是因为他们杜撰了一些故事。
小说是事实的记录，小说家不插手对现实进行增删，他也不服从一个事先构思好的观念的需要来制造用以构筑一个屋架的种种部件。
自然主义小说是与个人无关的，小说家只是一名记录员，他不准自己评论、下结论；作家的唯一工作是把真实的文献呈现给读者。而作家的激烈或温和的干涉会缩减小说的内容，打断其明晰的线条，给事实带来不相干的因素，从而破坏这些事实的科学价值。然而，左拉所信奉的克洛德·贝尔纳本人并不把艺术家当成科学家。
他给艺术家作了如此界定：“所谓艺术家是指这么一个人，他在一件艺术品中体现他个人的思想或感情。”左拉显然无法接受这种说法，他申辩说，艺术家的个人情感是服从真理的检验。“一部真实的作品将是不朽的，而一件感人的作品却只能迎合一个时代的情感。”理想主义作家总是以某种不合情理的源泉，如启示、传统或公认的权威作为出发点，这些人所做的是一件有害而无益的工作，“唯一伟大而道德的作品乃是合乎真理的作品”，“所以实验小说家是接受已被证明的事实的作家，他指出人和社会中已为科学所掌握的诸现象和机理，他只让他个人的感情参与决定尚未确定下来的那些现象、并尽量用观察和实验来检验这个人的感情，这既存的观念。
左拉主张“小说家不插手对现实进行增删”，强调的是对现象的接受，旨在反对虚幻的捏造。对作品中的道德倾向抱持与个人无关的态度，也并非是冷漠地照抄现实，而是在事件的进展中表现作家的情感态度；因此，左拉也并不完全否定个性因素，他说：“一部作品永远只是透过某种气质所看到的自然界的一角。”而正是以这种真实性占主导地位的文学批评标准，左拉把巴尔扎克、司汤达、福楼拜等作家都称为“自然主义作家”。
那么，根据什么样的科学理论来认识和研究人呢?19世纪法国的生理学与实验医学得到迅速发展，如著名生理学家克洛德·贝尔纳的《实验医学研究导论》、吕斯卡的《关于神经系统健康与疾病的自然遗传的生理哲学的论文》等，这些论文开辟了研究人的生理机能与神经现象的新领域，使文学家对人的认识又有了新的角度，为他们的生理描写提供了启迪以至具体的指导，对自然主义文学的创作更是产生了直接的作用。
左拉指出，遗传问题对人类的智力与情感的现象具有很大的影响。人的生理条件是人的“内部环境”，它控制着“人这架独立的机器是怎样运转的，它怎样思考，怎样爱，怎样从理智转向热情乃至疯狂”。而人的生理条件是与遗传有关的。但是，环境也有相当的重要性。“人不是孤立的，他生活在社会中，即在社会环境中，这样，对我们小说家来说，这社会环境就不断地改变着现象。甚至我们最大的课题就在于研究社会对个人、个人对社会的相互作用。”
兼顾了以上两个方面的观点，左拉对自然主义的实验小说做出了这样的全面总结：“这就是构成实验小说的条件：掌握人的现象的机理，指出生理学将给我们解释在遗传和周围环境的影响下的智慧与情欲表现的部件，然后指出生活在他自己所产生的社会环境中的人，怎样每天改变着社会环境，又怎样自己反过来在环境中经受着不断地改变。因此，我们以生理学为基础，从生理学家的手中，取出孤立的个人来继续解决问题，并科学地解答人们处在社会中之后他们是怎样处世为人的问题。”
左拉虽然关注人的社会活动环境，但这种环境在小说中往往成为一种装饰物，或者成为一幅巨大的天幕，人物只在天幕下匆匆地来来往往。在《卢贡·马卡尔家族》的总序中，左拉说，“从生理的观点来看，卢贡·马卡尔这家人，是精神病的慢性继承人，这个病是在这个家族肌体第一次受到损伤之后得上的，而又随着环境的不同，决定了这个家族里各个成员的感情、欲望、情欲，以及天然和本性的流露，而人性流露的种种结果，就是通常所谓的道德和罪恶”。
从这种理解出发，他误认为下层阶层的反抗是一种人的向上爬的生理本能，工人的堕落是由于酗酒的遗传，他们的不幸和低下的地位，不过是促使他们的生理本能外露的条件。
