尽管插入片段在一级氨基酸序列上是不连续的，但该论文作者做了一个简单的3D分子模拟，发现这些插入序列都在蛋白结合部位，并在论文结论部分强调“这在自然界不太可能是偶然的。”
论文一出，马上引起公众的“阴谋论”猜测和科学界“反阴谋论”的批判。
“几位在美国的华人病毒学家按那个文章做了分析，发现原来作者的工作有很多错误，结论是不对的。”美国马萨诸塞大学医学院教授、国际学术期刊《新发病原体与感染》主编卢山给《中国新闻周刊》的邮件回复中写道。
“他那种所谓的相似性根本就站不住脚。”清华大学医学院教授、全球健康与传染病研究中心主任张林琦解释说，在人体内，20多种氨基酸的排列和组合就构成了每个人不同氨基酸序列和结构，相似序列越长，说明同一个来源的可能性就越大，但如果只有三四个、四五个氨基酸很像，根本说明不了是同一来源。生物在进化过程中都有一定的同源性。
浙江大学生命科学研究院教授王立铭在个人微博上打比方解释，这就像有人惊呼“你居然和去年那个杀人犯长的一样，你看你们都有两只耳朵！你一定是那个杀人犯的孪生哥哥！”但问题是“全体人类都有两只耳朵”。
俄亥俄州立大学病毒与新发病原学中心主任刘善虑在接受《知识分子》采访时指出，从科学和病毒进化的角度来看，冠状病毒和属于逆转录病毒的艾滋病毒差别很大，发生基因间重组的可能性不大，因为同源性太差。HIV的传染途径和新冠病毒完全不同，新冠病毒的这几个插入突变也不能使其获得感染T细胞的能力。
一些医生建议使用抗HIV病毒的药物洛匹那韦和利托那韦是基于其蛋白酶抑制活性。利用蛋白酶加工衣壳蛋白是RNA病毒普遍共性，并非HIV独有，此前在非典时期，香港也曾使用这两个药进行临床试验。
基于这篇论文，各种阴谋论喧嚣尘上，有人在脸书和推特上甚至发文称新冠病毒是武汉的“P4实验室泄漏事故造成”。对此，中国科学院武汉病毒研究所新发传染病研究中心主任石正丽在她的微信朋友圈回应道：“欢迎转发：新型冠状病毒是大自然给人类不文明生活习惯的惩罚，我石正丽用我的生命担保，与实验室没有关系。奉劝那些相信并传播不良媒体的谣传的人，相信印度学者不靠谱的所谓‘学术分析’的人，闭上你们的臭嘴。“
“这是非常荒谬的推测。”张林琦对《中国新闻周刊》说。“我们有点高估了自己的想象力或者创造力，而低估了看上去所谓特别简单的生物体。”张林琦强调，以过往实验为例，科学家把病毒遗传工程改造成之后，再把这个病毒用到猴子身上做实验，这时会惊奇地发现，病毒自己恢复到了原来的最佳状态。
病毒看上去好像是所谓低级生物，也都是经历了百万年、上千万年进化才得以在地球上占据一席之地，“想（人为）改变一个物种是非常困难的，我们做生命科学做了这么多，你会发现任何一个物种在这个世界上、在现阶段都有它存在的道理。”张林琦最后说。
