企业员工的工资中的个税每个月在工资表中代扣，然后由企业向国税申报代缴员工个税。根据《中华人民共和国个人所得税法》第十七条规定，对扣缴义务人按照所扣缴的税款，付给百分之二的手续费。根据文件，企业可以根据实际代缴了多少个税计算2%的手续费，每年向国税申请手续费返还。
申请手续费返还也有时间限制的，要求每年的3月30日前完成申报。但今年由于疫情原因，为了缓解企业的困难，所以对申报的时间进行了调整。3月税总函〔〕43号《关于延长度代扣代收代征税款手续费申报期限的通知》的规定，延长度代扣代缴、代收代缴和委托代征税款手续费申报期限，由3月30日延长至5月30日。
现在进入5月底，大部分的企业都完成了申报并手续费已到账。如果还未申报的需要尽快办理。如果未及时提交申请的，视为自动放弃上一年度税款手续费。现在办理手续费也简化了，只要进入国税申报系统，网上提交申请就可以了。
个税手续费是否征增值税呢？
目前有两种观点：一种认为属于政府补助不征收，一种认为是提供服务需要征收。从目前各地国税的规定来看，手续费属于企业提供的一种服务，应该按照现代服务业征收增值税，税率为6%。
如以下这些国税的回复：
湖北国税：《湖北省营改增问题集》企业代扣代缴个税取得的手续费是否缴纳增值税？
答：根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔〕36号）规定，企业代扣代缴各税取得的手续费应按照“经济代理服务”缴纳增值税。
浙江国税：请问我公司每季度收到地税返还的个税手续费是否需要缴纳增值税？
答：需要。营改增后公司取得的代扣代缴个人所得税手续费返还应按照“其他现代服务”缴纳增值税。
深圳国税：代扣代缴个人所得税的手续费返还，根据现行税收法规，代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。
厦门国税：代扣代缴个人所得税的手续费返还应按照“商务辅助服务—代理经纪服务”缴纳增值税。
个税手续费有限额吗？
财行〔〕11号《关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》的规定，法律、行政法规规定的代扣代缴税款，税务机关按不超过代扣税款的2%支付手续费，且支付给单个扣缴义务人年度最高限额70万元，超过限额部分不予支付。
根据文件，手续费最高也只能返还70万，不过对于很多企业来说是达不到这个限额的，如果要达到70万的手续费，那么代扣代缴个税金额需要达到70/2%=3500万元。
个税手续费返还账务怎么处理呢？
有些企业入账到营业外收入，但根据这笔收入的性质属于服务类的收入，不应该入账到营业外收入；有些企业会入账到其他收益，又有些企业入账到其他业务收入。
但是根据这笔收入的性质，一般认为入账到其他业务收入更符合该笔业务的情况。
借：银行存款
贷：其他业务收入
贷：应交税费-应交增值税-销项税额
如果企业收到20000元的个税手续费返还，那么不含税收入为20000/1.06=18867.92元，增值税销项税额为1132.08元。在申报增值税时填入未开票收入就可以了。
