西瓜直播苗由于幼苗生长的环境条件不如育苗苗床，播种深度也难以完全保持一致，因此瓜苗生长往往出现缺苗和强弱不一等现象。所以苗期管理更为重要，管理目标是使瓜苗尽量全、齐、壮。
西瓜直播苗的整地做畦应比育苗移栽更加精细，减少地力差异。播种也要尽力做到整齐准确，减少人为差异。发现有缺苗断垄时，应及时催芽直播或利用其余的子叶苗移栽，加强幼苗管理，早补全苗。西瓜苗刚出土时根系浅，易受伤，对种子弯脖顶土等引起的地表裂缝应随时用细土填充。当幼苗出现1~2片真叶时，即可进行中耕松土，同时在幼苗根部进行培土以固定瓜苗。直播苗因播种量偏大，因此当幼苗出土后应及早间苗定苗。间苗一般可分两次进行，每次去除弱苗、病苗，保留下胚轴粗、子叶壮、叶色浓的健旺苗。对西瓜早鉴品种来说，间苗应首先去除非杂交苗，提高苗子纯度。第一次间苗在二叶期进行，每穴留苗2株；第二次间苗在团棵期进行，选留1株生长健壮，发育正常的瓜苗定苗。为防止间苗伤着留苗根系，甚至带留苗拔掉，间苗时不能用手拔，应从幼苗子叶以下切断，切断位置过高苗子会抽生新芽，起不到间苗作用。
