水田秸秆整株还田技术是一项综合技术，在使用好旋耕埋单机的同时，还必须注重农机与农艺的结合。在作业时主要把握以下几点。
1.适宜还田的秸秆种类和还田数量
水田秸秆整株还田主要适用稻秸和麦秸，同时可以对瓜藤、绿肥和田间杂草等进行直接旋耕埋草。还田的秸秆量一般在300千克左右。耕作时，先将秸秆均匀地抛撒于田面，并灌水软化土壤。而后直接旋耕二遍，就能达到既完成翻土、碎土作业，又将整株秸秆埋人土中。
2.适宜的灌水深度
旋耕埋草机适宜作业的灌水深度在3～5厘米。当灌水深度大于5厘米和小于3厘米时，埋草覆盖率均明显下降。灌水过深，作业时，秸秆会被水浪冲击，造成堆积，影响埋草质量。如灌水浅，泥块易粘附在旋耕埋草机滚筒上，导致不能进行正常的埋草作业。因此，掌握适宜的灌水深度是用好该机的重要因素。
3.进行必要的养分补施
秸杆虽含有丰富的养分，但养分含量不均衡。因此，在秸秆还田的同时还宜补施一定的氮肥和磷肥，以平稳养分，控制合理的秸秆腐烂、分解速度，提高肥效与还田效果，假每还田100千克鲜稻草，宜补施尿素2.14千克，补施过磷酸钙1.36千克
4.秸秆还田与畜肥合理混用
若在秸秆还田的同时能合理混用畜肥，两者在养分上能形成互补、释放时形成互助，其增产效果更加明显。
5.适宜埋草作业的泥脚深度
旋耕埋草机在泥脚深度10～20厘米的水田中使用，其碎土性好，平整度高，埋草覆盖率在95%以上。在泥脚深度小于10厘米的田块中作业，因耕作层太浅而不易将秸秆埋下，覆盖率降低。在泥脚深度大于20厘米的田块中作业，因拖拉机下陷严重，机具负荷增大，难于进行正常作业。
