武夷山虽以其高峻的山势构成赣闽间的天然屏障，穿越十分困难。然在整个绵长的武夷 山带中，有许多横穿山岭与山脉直交或斜交的古称为"关"、"隘"、"坳"的垭口，可资交通。
其中较大的是山脉北段的桐木关和分水关。 其中比较著名的垭口，自北而南有广丰、浦城间的二度关，上饶与崇安间的宿阳关，铅山和 崇安间的温林关、
这 些垭口成因各异，有的是断裂陷落形成的峡谷，有的是古河道留下的谷地，有的则是流水差别 侵蚀之如鹰厦铁 路穿越武夷山即取道于资溪光泽间的铁牛关;这些关隘地势险要，自古为兵家必争之地。
武夷山风景名胜区是建溪水系的上源区域，境内主要河流有崇阳溪、黄柏溪、九曲溪三条,呈树枝状,属山地河流。
崇阳溪由北、北东向南、南西方向，从景区东侧流过,流经景区河段约7公里。其上源汇集有北溪、西溪、梅溪三条支干和20条支流。
河床宽阔，具一般航运能力(木船、木排等);黄柏溪发源于保护区的麻粟坑,流经柘洋,于官庄进入景区东北边界,于赤石下林洲注入崇阳溪,九曲溪属景区主要河流，亦是景区自然风光的精华所在。
武夷山脉地处亚热带季风湿润气候区，山脉所踞平原、丘陵、山地、盆谷等地貌类型俱存，土壤种类多，土质肥沃，雨量充沛，森林和植被茂密，保留有原始森林多处
