南京毗卢寺，位于南京市汉府街4号，始建于明嘉靖年间（1522-1566），因寺中供养毗卢遮那佛，初名毗卢庵。原一小庵，清咸丰年间毁于兵火，后有僧量宏创一佛殿。
清同年间，曾国荃游南岳衡山齐公岩，与海峰法师有戏约“如我督两江，为您造庵。”海峰即立誓代他管理天下名山。海峰，江苏镇江人，客居湖南。清光绪十年（1884年，曾国荃任两江总督，招海峰至南京择地造寺，经与量宏商量，在原毗卢庵址建寺。
湘军诸将捐巨资建大雄宝殿、万佛楼和藏经楼等，将原毗卢奄旧址周边扩大，东至清西河，西至大悲巷，北至太平桥，南至汉府街，遂改庵为毗卢寺，为南京第一大寺，方丈海峰，屈十方传法系寺庙。
海峰下有方丈寄禅、芳田。光绪二十八年后有方丈显文（字印魁）、舣波、古昙、广明等。光绪中叶至宣统初年，印魁显文祖住持开展禅学研究。
宣统元年（1909），请谛闲大师来寺主讲天台宗教义。民国元年（1912），方丈瑞生，传天台宗。同年，太虚在毗卢寺筹办中国佛教协进会（在镇江金山寺开成立大会），从事讲学和教务活动。
民国8年，瑞生举行圆通大戒,受戒弟子中有比丘90人，比丘尼30人，男居士18人，女居士29人。同年，瑞生圆寂，由观同、务道相继任方丈。主要建筑有山门、天王殿、大雄宝殿、观音殿、万佛楼、藏经楼、毗卢殿、塔院、法堂、斋堂等。
