菲律宾美国人的历史开始于1587年10月18日，菲律宾人成为第一个横渡太平洋的亚洲人，这要比1607年英国人在詹姆斯敦建立他们在北美洲的第一个殖民地还要早二十年。当菲律宾还处于西班牙的殖民统治下时，菲律宾人已经开始向美国移民。从1565到1815，在马尼拉—阿卡普尔科帆船贸易中，许多菲律宾男性被迫在西班牙大帆船上做苦力，一些菲律宾劳工不堪重负，经常趁机在墨西哥和路易斯安娜等地的小海湾逃离这些商船。早期到达美国的这些人被称为“马尼拉人”（Mannilamen），他们在新奥尔良的郊外定居下来，建立起村落，以打鱼、捕虾为生。在随后的一百多年里，菲律宾人向美国的移民主要以零星、少量为特征。直到1898年美西战争后，菲律宾人掀起了移民美国浪潮。根据不同历史时期菲律宾人移民美国的特点，大致分为三个阶段：
一、第一次浪潮：1903——1935年
1898年12月10日美国通过《巴黎条约》（Treaty of Paris）从西班牙手中得到了菲律宾群岛，开启了这个岛民国家的新纪元。通过这个条约，菲律宾人得到了一个毫无实质意义的“国民”（nationals）地位。这个词的真正含义应该是，菲律宾人作为美国统治之下的岛国居民，享有同美国人一样的权利与受保护的地位，可以自然化归拥有美国国籍。然而，事实上，从1898年到1934年《泰丁斯——麦克达菲法案》(Tydings-McDuffie Act)，即《菲律宾独立法案》（Philippine Independence Act）通过之前，菲律宾人的主权及受法律保护的国民地位一直被排除在美国宪法之外，更别提得到过任何保障。
这一时期主要有两种类型的菲律宾人移民美国，一是美国最早的菲律宾留学生，第二种是劳工移民。这一时期的菲律宾人占据了美国廉价劳动力的市场，但他们的收入只占白人男子平均收入的三分之二。这主要因为他们大部分人都没有受过专门的训练、没有一技之长，而且他们也没有融入主流文化和美国当地人民的生活，他们是被边缘化的一群人。而且东方人的皮色又加重了白人对他们的歧视，他们并没有获准成为永久定居者，更不能成为业主。
二、第二次浪潮：1945——1964年
早在《泰丁斯——麦克达菲法案》通过之前，在美国的菲律宾人就饱受白种人的非议与排斥。尤其在1929——1933年经济大危机期间，反对者称“菲律宾人做低工资的工作，拖垮了他们的整体生活水平”。为了谋生计，菲律宾人不得不与其他种族竞争。这也加剧了白种美国人与菲律宾人之间的冲突。他们常抱怨说，菲律宾人抢走了他们的女人和工作。由于这个原因，在许多宾馆、饭店甚至游泳馆都标注“菲律宾人不准入内”，甚至称其为“狗不准入内”。
然而，第二次世界大战开始后，太平洋战争的爆发使得美国改变了对菲律宾人的态度，菲律宾成为美国重要的“盟友”，试图阻挠菲律宾人进一步移民的不和谐之声开始消减。这开始了第二次菲律宾人移民美国的浪潮。据统计，在1951至1960年间有19,307名菲律宾人移民到美国。
三、第三次浪潮：1965年至今
1965年，美国政府废除了以往移民法中的种族歧视条款，颁布了把移民限额的分配原则建立在移民国籍基础上的《移民与入籍法》(The Immigration and Naturalization Act)，美国的菲律宾人数急剧上升。据统计，早在19在美国有2,700名菲律宾人，到1950年时有122,000人，然而，在《移民与入籍法》颁布之后，仅在1960年到1970年间就有98,377名菲律宾人移民美国，尽管当时官方人口数据统计1970年美国共有343,000名菲律宾人，但据现在人口专家计算统计应该是接近494,169人。到1990年美国的菲律宾人数增长到了140万人。菲律宾成为美国外来移民的第二大来源地，仅次于墨西哥。据统计，2000年的美国菲律宾裔移民人口突破200万。这些菲律宾人移民到美国大都选择居住在大都会地区的中心城市。
虽然1965年《移民与入籍法》的颁布使得大量的菲律宾人和其他亚洲移民进入美国，但这不足以解释为什么在短短的25年内如此之多的菲律宾人进入美国。其实，美国对菲律宾90多年的殖民和后殖民统治促进了菲律宾人向美国移民。美菲两国除了建有牢固的军事联系和经济往来外，殖民时期遗留下的文化传统已经潜移默化的使菲律宾人美国化，这促使菲律宾人把美国的文化、政治体制、生活方式视为优于本国的而加以追求。加之先前移民者树立了成功迁移的经验与典范，进而促进了其他人移民的意愿。随着菲裔美国人口的不断增加，之后的几代人与之前相比更加易于融入美国生活并跻身于上流社会。
