1938年10月21日下午，日军占领广州。从22日下午开始，日军伙同汉奸在城内进行大规模的劫掠，所有大商店门窗悉被击破，大批商品被掠走。23日，广州市内的日本浪人、汉奸四处纵火。
广州全市最少有数十条街道被焚毁。繁华的商业区顿成一片瓦砾场。全城店户悉被抢掠，抢劫者初为汉奸，其后则为日本兵及浪人。日军在各民房内大肆抢劫食品、家具及被褥。在中小商店被抢掠的同时，日军强行占领了中华书店、商务印书馆、中华百货公司、新华酒店、新亚酒店、爱群酒店、新华戏院、半瓯茶室、甘泉茶室、兰溪茶室等大商号。广州市内劫后所余的新式省营、民营工厂也难逃劫运，几乎全部为日军占据或劫迁。
为了对付广州郊区的抗日游击队，日军一到傍晚7时就宣布戒严，严禁市民通行，并经常在市内突击搜查，稍有可疑者即被日军逮捕杀害。在黄埔港附近，日军设立了宪兵大本营，每日均有大批无辜民众被日军押解至此审讯，酷刑拷打之声及惨叫声日夜不绝。刑讯之后日军便将人运至黄埔牛山脚下枪杀，将尸体扔进废旧的炮坑。仅此处被残害者达万人以上，日积月累，尸骨满坑，被附近百姓称为“万人坑”。
在黄埔大沙路口的一棵百年榕树下及其他地方，日军吊打残杀过无数群众，并将死者尸体悬树示众，以至于人们经过此地时都心惊胆战，不敢驻足。日军在向城北进犯时，沿途捉住南村、园下村村民15人，全部捆绑拉往水塘边枪杀；后又抓住其他村民20多人，在被迫为日军拉回大炮后，日军竟残忍地用刺刀将这些村民全部杀害。在广州东郊，日军采用各种残忍手段，杀害了大量无辜群众。有一次，日军抓住30多名村民，强迫他们排成一排，用铁丝穿过每个人的两只手掌，再把铁丝绑在村旁两棵树上，然后开枪逐一杀害。日军为恐吓村民，还逼迫其余村民前往观看。
日军所到之处，兽性大发，奸淫抢劫，无恶不作，肆意拘捕良家妇女充当慰安妇，不从者即予杀害。日军军纪败坏，无论白天夜晚，随时都会闯入民房抢掠财物、侮辱妇女。
1938年11月8日，日军出动数百人对增城西洲村进行骚扰，见人就刺，见屋就烧，见东西就抢，捉到妇女就侮辱，共侮辱妇女20多名，上至老妇，下至10余岁的女童都未能幸免。
1939年11月17日，广州日军拘捕良家妇女2000余人，关押在黄德光医院编为“姑娘慰问团”，分送前线充当慰安妇，拒绝者多被残杀。日军在广花公路各处交通要道设立哨卡，任意杀戮群众，侮辱妇女。
日军还在广州组建了细菌战机构：波字第8604部队(对外称华南防疫给水部)，部队长为佐藤俊二军医大佐，配属有1200余名专业人员。大本营设于广州百子路(现中山二路)原中山大学医学院内。本部下设总务课以及细菌研究、给水研究、传染病治疗研究、鼠疫研究和病体解剖、器材供应5个课及疟疾研究室、细菌培养室等。该部除担负侵粤日军防疫给水保障任务外，主要是从事细菌和各种传染病的研究及实施细菌战。在部队长佐藤俊二指挥下，采取在食物中散播疫菌、人体注射和带菌蚊虫、跳蚤、老鼠传播等手段，秘密杀害中国军民，并留下严重的疫情后果。
驻粤日军为加紧对广东的控制和搜集情报，在广州建立了多个情报机关，实行军事占领和特务统治相结合。与日伪军一起，在广东地区形成了一个庞大的军警宪特统治网，肆意对广东人民进行蹂躏。
日本在广东还进行了疯狂的贩毒活动，广州沦陷以后，在日本人的鼓励和汉奸的利诱下，鸦片烟馆和赌馆在市内林立，甚至街道上的走廊、人行道都可随意设立海洛因摊、红丸摊、牌九色仔赌摊，吸引路人前来吸、赌。初时毒品价格低贱，鸦片1角多1钱，红丸1角可购二三十粒，以引诱一般无知的市民上当，受毒瘾的控制。
日军在占领区还肆意搜刮资财。截断侨汇、发行军票、盘剥工农、摧残实业，造成占领区各地工厂倒闭、田园荒芜、商业凋零、饿殍遍地。日军为了榨取商业财富，胁迫兴办由华人出资、日本人入空股的合作社，从而瓜分利润、操纵物价，日货充斥广州市场。在日军铁蹄之下，占领区人口日益减少。广州战前约170万人，到1943年8月，只剩三四十万人，一片萧条荒凉景象。
占领广州后，日军又加紧扶植汉奸，建立伪组织和伪政权。1938年12月10日，在日军策划和扶植之下，成立了伪广东“治安维持会”，由汉奸彭东原、吕春荣分任正副会长，作为广东占领区的临时最高行政机构。
彭东原此人非常狡猾，太平洋战争爆发后，他感到日本大势已去，于是在1943年秋，他去了上海蛰居，并制造出了病危的假象，彻底脱离汪伪政权，从此销声匿迹。吕春荣则是铁杆汉奸，抗战胜利后，他被第二方面军总司令张发奎下令逮捕，10月14日押赴天字码头执行枪决。
