（一）不同国家对跨境电商的法律和政策不一致。国际上各国政策的不统一，导致多边贸易和跨境电子商务受到了沟壑般的限制，尤其是在税收和流程方面，由于报关和税收制度的复杂性，使得跨境消费者在碰到多国政策、税收费用和报税审查过程中感到困惑，从而导致购物增加了许多费用和程序，使购买者面临未知的风险，跨境电商也面临着经营体制更新的挑战。
（二）用户缺乏认可感和信任感。跨境平台的交易方式及服务内容广泛多样，不同的国家有着不同的生活习惯与价值观念，跨境电商交易的用户未必能够认可这种标准，对其所购买的交易服务不能够熟练掌握，故而导致用户缺乏认可和信任，从而影响到跨境电商的发展。
（三）数据安全和保护问题。跨境电子商务为用户提供大量信息服务，包括从海外用户所收集的信息，而这些信息可能包含了个人信息、医疗信息和金融信息，因此，数据安全的重要性日益凸现出来，而跨境电商平台自身维护的隐私权并不能很好地保护用户的信息，因此有必要完善并加强数据安全和保护的措施，防止数据泄露。
（四）配送问题。由于跨境电子商务历史上长期受到国家政策限制，各个国家可能有不同的配送模式、价格不一、时效差距较大等问题，这些会影响跨境电子商务的发展，配送时间、价格和清关等问题也是跨境平台面临的挑战。
（五）竞争过于激烈。当前网络贸易正快速发展，竞争也正变得日益激烈，各个跨境电商平台为了吸引用户，经常以降低价格等手段进行竞争，使得原有品牌和产品都面临削价压力，甚至导致品牌残缺。此外，跨境平台上出现的假冒产品也是一大问题，这些假冒产品不但伤害了原有品牌的商誉，也显著降低了用户购买的安全与可靠性。
（六）财税风险挑战。跨境电子商务货物的报关及货物的退换问题常常属于不同国家的不同税收法规，未必能得到良好的解决，而这样，对跨境电子商务运营企业而言，皆会带来财税的巨大风险，所以跨境电子商务需要有更完善的监管模式来指导和管理货物的报关及账单审核等工作。
一、海关监管
1. 目前跨境电子商务的海关审批和监管还尚未制定完善的规范，在电子商务进入边境时，需要提供大量文件、复杂步骤，海关审核的审批期限久，不得不使得商家等待的过程缩短，不利于跨境电子商务发展。
2. 跨国电子交易和清关形式缺乏统一，当型式多样的物品申报时，海关收取的数量、品种等属性信息不容易规范管理，导致海关办理行程繁琐，跨境电子商务的效率大大降低。
3. 针对跨境电子商务的货物政策和上线物流时间限制并没有明确的指引，可能会引起许多不确定因素影响跨境电子商务发展，而多数国家也没有建立完善的审批机制，导致电子商务量相对落后。
二、技术支持
1. 由于跨境电子商务本身特性所带来的技术难度，技术支持不足，进而使得跨境电子商务发展收到很大的阻碍。
2. 开发跨境电子商务网站需要技术和设计专业人员，而这些设计师在国内的报酬和条件也比不上国外的，使得国内募集到的资金和人不能充分支持和改善跨境电子商务平台。
3. 由于跨境电子商务跨越多个国家，涉及公司、单位之间众多技术和网络间的沟通，仍然存在一定的技术难题，开发过程难度大，使得跨境电子商务发展受限。
三、消费者保护
1. 由于跨境电子商务标准规范化程度不高，消费者对产品和服务有疑问时，往往难区清错误，也容易消费不当，这对双方都不利，也影响消费者的购物体验。
2. 交易维权机制不健全，海外商品存在七天无理由退换而本土商品是没有这样的服务，使得消费者疑惑，影响消费者信心。
3. 跨境电子商务从订购到收货，存在着许多不确定因素，例如，准时到货，交易后服务，物品特性，并且缺少某些传统电商平台可以提供的补偿机制，从而加重消费者的维权难度，不利于消费者的维权及购买行为。
