1、高成本开支：自营跨境电商平台涉及的规模更大，设施配套更为完善，要建立仓储、物流系统，发展团队、开发网络技术，成本会高很多；还有地理位置不合适，会影响到运营成本和物流配送成本，从而影响到总体经营效益；
2、运营风险较大：自营跨境电商平台的运营风险较大，商品采购、走线水平决定了电商平台的质量，商品的售价、物流的费用等都是由海外公司直接支付的，存在较大的风险；
3、货源不稳定：自营跨境电商平台的商品源来自国外商家，由于国际贸易的特殊性，对货源的供应非常不稳定，容易受到市场行情、政治形势等因素的影响，因此，订单的确认和物流派件都会受到重大影响；
4、支付流程复杂：自营跨境电商平台的支付流程会比国内平台更为复杂，常常会要求买家先支付一定数量的货款，大大增加了买家付款的风险，同时涉及到复杂的汇率兑换环节，国家有关的金融政策也将直接影响到汇款的收付；
5、购买手续费较高：自营跨境电商平台的购买手续费较高，涉及到海外转账，平台手续费高达4％—6％，而且有时需要卖家支付国外银行费用等，这都会造成商家出资费用增加，损失经济效益。
（一）物流方面的劣势
1、自营跨境电商平台存在现成的物流服务不能满足客户的快速发货的要求，物流选择的有限，特定的境外物流公司的服务费较为昂贵，无法形成竞争力；
2、自营跨境电商平台准备做海外仓储服务，面临着设备等投入成本大，以及物流成本高昂，利润空间有限；
3、与传统企业对比，自营跨境电商平台存在跨境物流打包的技术积累不够强的缺点；
4、自营跨境电商平台物流处理运输流程投入大，执行过程繁复，部分运输条线执行时间较长，浪费时间，影响客户购买体验及客户忠诚度；
（二）客户服务劣势
1、自营跨境电商平台受地理位置的限制，未能很好地向境外客户提供更加便捷服务，客户投诉响应、售后服务处理不及时；
2、针对不同国家及地区有不同的客户服务流程，自营跨境电商平台缺乏相应的多语言翻译服务和人员处理技能；
3、自营跨境电商平台无法与境外客户建立直接的联系，很多境外客户倾向于与供应商直接沟通；
4、自营跨境电商平台在技术支持方面相比传统企业而言不good，技术水准低，耗时才能排除服务故障；
（三）客户推广劣势
1、自营跨境电商平台向海外市场推广的费用高昂，费用压力大，而且在同类市场具有竞争对手，未能很好地满足一定的投入回报；
2、自营跨境电商平台针对海外客户推广的技术手段及推广渠道并不多样，在传播效果、投入收益及品牌价值，以及客户忠诚度等方面有待改进；
3、自营跨境电商平台广告投放费用较高，受影响的地域比较有限，直接影响增长速度；
4、自营跨境电商平台缺乏全面的面向境外客户的合作伙伴计划及赠品推广服务，未能有效地促进境外客户成为企业持续增长的引擎。
