为提升旅客乘机体验，推行无纸化登机，推广绿色环保出行，南航国内航班推行100%预选座位服务。成功购票后，旅客可通过南航官方电子渠道进行座位预选。南航官方电子渠道包括官方网站、手机APP等。在通过安检前仍然可以通过上述官方电子渠道进行座位改选或取消值机。在办理座位预选时，可勾选自动值机，南航将于航班起飞前自动为旅客办理网上值机手续。对航班起飞前4小时未主动选座的旅客，南航将自动为旅客预选座位，并办理网上值机手续。
在支持电子登机牌的机场，旅客可以在航班起飞前通过上述南航官方电子渠道获取电子登机牌，并凭电子登机牌直接通过安检、登机，无须再排队打印纸质登机牌，但对于首次乘机者，老人、小孩使用仍存弊端。目前南航在广州、北京等39个国内机场支持电子登机牌。
