导弹防御系统的基本功能很简单——用导弹击落其他导弹——但是在这个过程中会发生很多事情。这里有一个关于中程导弹防御系统——比如
美国陆基中段防御系统
美国海军SM-3宙斯盾弹道导弹防御系统
系统——应该能阻止一枚落后的洲际弹道导弹:威胁导弹发射。卫星使用红外技术和雷达探测发射并跟踪导弹的轨迹。威胁导弹释放弹头和诱饵(称为“威胁云”)。陆基和海基雷达持续跟踪威胁云，试图识别弹头(有效载荷在哪里)。导弹防御系统发射拦截导弹。拦截器的有效载荷“杀伤弹头”与导弹主体分离。KKV发现了威胁云，并试图拦截高空大气中的弹头。
如果一切按计划进行，威胁有效载荷在到达其下方的目标之前会在太空中被摧毁。
然而，这些系统不同于爱国者,箭2，S300,S400以及铁穹大气层内导弹防御系统的终端阶段。这些系统以类似的方式工作，使用雷达和大气制导进行跟踪，但设计的目的只是拦截中短程导弹，这些导弹的移动速度比洲际弹道导弹慢得多，高度也比洲际弹道导弹低。它们只覆盖几十公里大小的区域，所以它们可以作为末段防御的备份。
终端高空区域防御系统被归类为终端阶段系统，但它有一些妙招。它更像一个中段系统，可以通过高层大气或更高层的直接碰撞摧毁目标。
现代导弹防御系统雷达基本可以360°覆盖，垂发系统可以拦截各种方向的导弹。
